Conformada por tres franjas horizontales de igual tamaño utilizando los colores verde agua, dorado y blanco hueso. Franja superior: verde, representa el agua de la laguna del Cacique Guatavita, el verde de los cultivos y el campo. Franja media: dorado, recuerda la leyenda de El Dorado y los rituales Muiscas. Franja inferior: blanca, la riqueza salinera antiguamente explotada en el municipio
HIMNO
I Estrofa
Sesquilé, boquerón de la arroyada
Junto a ti forjé los sueños de mi infancia
Aprendí de mis ancestros tanta historia
En los cerros centinelas de tu gloria
II Estrofa
Tu imponente cañón de las águilas
Covadonga, las tres viejas, pan de azúcar
Maravillas que inspiraron el romance
Del cacique Guatavita en la laguna
III Estrofa
Te fundó en 1.600 Luis Enriquez
Hechizado en el embrujo del Dorado
Y encontró en la grandeza de su gente
El tesoro que jamás había soñado
Coro
Sesquileños siempre adelante,
a luchar por nuestra tierra,
Paraíso bendecido de paisajes,
Milagro de la Inmaculada Concepción
Sesquilé es nuestro pueblo,
Vivo ejemplo de cordialidad,
Conservarlo prospero y radiante, (bis)
Nuestro gran compromiso social (bis)